El CIEG tiene como una de sus funciones primordiales realizar, promover y coordinar investigaciones disciplinarias o interdisciplinarias orientadas al estudio de los géneros, vinculando los esfuerzos intelectuales, metodológicos y técnicos de las personas y grupos que trabajan dentro y fuera de la UE, utilizando como una de sus herramientas de vinculación el Sistema de Información Institucional y de Personas Relacionadas con los Estudios de Género desarrollado por el Centro de Altos Estudios Sociales.

En 2004 el CIEG definió como temas prioritarios: la migración, la justicia, la identidad, la interculturalidad y los derechos humanos, con la intención de vincularse con los temas de mayor relevancia social al interior de la Comunidad Europea.